A marca do Observatório representa a união entre ciência, território e natureza. O elemento central é inspirado na geografia e na dinâmica das águas na foz do Rio Amazonas, simbolizando a observação e o monitoramento constantes deste ecossistema único. Retratando a pluma e a entrada das águas no continente, reforçado também pelo degradê de cores, que simbolizam e diferenciam a profundidade e cores da água no oceano e no continente.

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